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Pesquisadores da University of California San Diego publicaram novas diretrizes que podem ajudar cientistas a melhorar significativamente seus resultados ao quantificar as interações entre DNA e proteínas. Entender essas interações é essencial para nossa compreensão da biologia humana em geral, e também pode ajudar cientistas a desenvolver novos tratamentos para uma ampla gama de doenças, incluindo muitos tipos de câncer.
Os pesquisadores se concentraram na normalização spike-in, uma técnica de biologia molecular amplamente usada que ajuda a garantir resultados precisos e confiáveis. A normalização spike-in envolve adicionar uma quantidade conhecida de cromatina (DNA e as proteínas associadas) a uma amostra antes de ela ser estudada, o que ajuda os pesquisadores a contabilizar as variações entre várias amostras sendo comparadas entre si. A normalização spike-in é particularmente útil para comparar duas condições — como avaliar o impacto de um medicamento (comparando tratado vs não tratado) ou uma mutação ou uma deleção em um gene-chave (comparando normal vs mutante).
Ao explorar conjuntos de dados disponíveis publicamente que utilizam a normalização spike-in, os pesquisadores conseguiram identificar cenários comuns em que a normalização spike-in é facilmente mal utilizada e em que a construção de medidas adicionais de controle de qualidade e outras “guardrails” na técnica poderia melhorar os resultados ou evitar interpretações errôneas. Ao reanalisar esses dados e conduzir experimentos adicionais próprios, a equipe conseguiu desenvolver uma lista de nove recomendações principais para pesquisadores que usam a normalização spike-in que podem aumentar muito a precisão de seus resultados. Essas medidas incluem garantir que etapas consistentes de controle de qualidade sejam tomadas, seguir as melhores práticas para análise computacional e validar os resultados com outras técnicas de análise.
“Muitos estudos utilizam a normalização de spike-in, e nossos resultados colocam as conclusões biológicas tiradas dessa abordagem em questão”, disse o autor sênior Alon Goren, Ph.D. “Nossas recomendações podem ajudar a explicar algumas das armadilhas da normalização de spike-in para que ainda possamos colher os benefícios dessa técnica valiosa.”
O estudo foi publicado em 13 de setembro de 2024 em Biotecnologia da Natureza e foi conduzido por Lauren Patel e Yuwei Cao na UC San Diego e Eric Mendenhall, Ph.D. no HudsonAlpha Institute for Biotechnology. O estudo foi coliderado por Alon Goren, Ph.D., e Christopher Benner, Ph.D., ambos professores associados no Departamento de Medicina da UC San Diego School of Medicine.
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