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Uma nova ferramenta online – a primeira desse tipo para patógenos de plantas – ajudará pesquisadores de todo o mundo a identificar, detectar e monitorar espécies de Phytophthoraque foram responsáveis por doenças de plantas que vão desde a devastadora fome da batata irlandesa na década de 1840 até a morte repentina de carvalhos que ainda assola a população de carvalhos da Costa Oeste.
A nova “árvore da vida” do patógeno fornece uma infinidade de informações sobre cada uma das mais de 192 espécies formalmente descritas – incluindo sua história evolutiva e relacionamentos dentro dos grupos – bem como mais de 30 outros táxons descritos informalmente. Também inclui dados de sequência genética de vários locais no projeto genético, ou genoma, de cada espécie. Outros dados importantes incluem as localizações globais de cada espécie, as plantas que hospedam o patógeno e onde o patógeno reside em – ou em – suas plantas hospedeiras.
“Estamos levando todos os conhecidos Phytophthora espécies e colocá-las em uma ‘árvore da vida’ viva usando o kit de ferramentas Tree-Based Alignment Selector (T-BAS) que foi desenvolvido pelo meu colega Ignazio Carbone”, diz Jean Ristaino, William Neal Reynolds Distinguished Professor of Plant Pathology na Carolina do Norte State University e autor correspondente de um artigo em PLOS UM que descreve a ferramenta. “Os pesquisadores podem colocar espécies de ameaças emergentes na árvore de acesso aberto e observar quais grupos estão se expandindo e evoluindo”.
A nova ferramenta permitirá que os pesquisadores atualizem as informações sobre doenças de plantas em tempo real.
“A verdadeira chave para prevenir surtos de doenças é captar os sinais antes que o surto ocorra”, disse Ristaino, que dirige o cluster de Doenças Vegetais Emergentes e Segurança Alimentar Global da NC State. “O T-BAS pode ser útil como uma ferramenta para vigilância de doenças e para descobrir a próxima nova linhagem que pode surgir. Os pesquisadores podem consultar esse banco de dados e a árvore incorporará as novas espécies.”
A primeira espécie do gênero Phytophthoraou “destruidor de plantas”, foi descrito e nomeado em 1876. Phytophthora estão presentes no ar, no solo e na água e podem causar doenças em culturas alimentares, plantas ornamentais e árvores.
“Cerca de 150 novos Phytophthora espécies foram identificadas desde 2000″, diz Allison Coomber, estudante de Ph.D. da NC State, que desenvolveu a ferramenta com a equipe.
“Este é um número extraordinariamente grande de espécies de patógenos de plantas”, disse Ristaino. “Muitos Phytophthora as espécies têm ampla gama de hospedeiros, para que possam ‘se mover’ por áreas mais amplas.”
Ristaino, que publicou um artigo na Nature em 2001 identificando a cepa de Phytophthora infestans que causou a fome da batata na Irlanda, espera eventualmente integrar mapas físicos com os dados do T-BAS para ajudar a fornecer um melhor monitoramento de patógenos entre estados ou países.
“Extraímos todos os dados publicados sobre Phytophthora“, disse Ristaino. “Colaboração e compartilhamento de dados fazem muito mais sentido do que ser sigiloso.”
Ristaino acrescentou que o Phytophthora A ferramenta T-BAS está hospedada no portal da web DeCIFR disponível através do Centro de Pesquisa Integrada de Fungos do Estado da Carolina do Norte, que explora os fungos e os papéis que eles desempenham nos sistemas de saúde agrícola, animal, ambiental e humano. Mais informações sobre o acesso à ferramenta podem ser encontradas no site do Ristaino Lab.
Coomber é o primeiro autor do artigo. Amanda Saville, gerente do laboratório Ristaino, e Ignazio Carbone, professor de fitopatologia e diretor do Centro Estadual de Pesquisa Integrada de Fúngicos da Carolina do Norte, também são coautores do artigo. O trabalho foi financiado pela National Science Foundation National Research Training Grant Award No. 1828820 e pelo APHIS Plant Protection Act 7721 do Departamento de Agricultura dos EUA concede AP21PPQ&ST000020 e AP21PPQ&ST000062.
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