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Os cientistas do Van Andel Institute desenvolveram um novo protocolo de extração para RNA-seq e análise metabolômica, oferecendo uma imagem mais completa da atividade celular do que qualquer técnica por conta própria.
O protocolo emprega uma extração simplificada de uma única amostra, o que reduz a variação, melhora a eficiência, preserva a fidelidade dos dados e maximiza o uso de bioespécimes preciosos.
“Nossa nova técnica permite que os pesquisadores estudem os fenótipos metabólicos de uma maneira única, obtendo o máximo de informações possíveis de amostras únicas”, disse Ryan Sheldon, Ph.D., diretor do VAI’s Mass Spectrometry Core. “O mais importante é que não há perda de informações usando nosso novo e mais eficiente protocolo.”
Até agora, os cientistas tiveram que usar duas extrações de amostras – uma para RNA-seq e outra para metabolômica. Essa abordagem requer várias amostras ou uma única amostra dividida em subamostras, o que aumenta a variação e tem um impacto desconhecido na interpretação dos dados.
O fluxo de trabalho atual também pode tornar as abordagens multi-ômicas desafiadoras, especialmente em tipos de amostras raras; o processo de extração destrói a amostra, impossibilitando análises adicionais.
Para validar o protocolo, a equipe de pesquisa comparou os resultados da extração padrão com os resultados da nova abordagem. As descobertas mostraram claramente que o novo protocolo preservou a qualidade dos dados, economizando tempo e recursos.
O novo protocolo é publicado na revista Biologia do RNA. Foi desenvolvido por cientistas do Centro de Tecnologias e Serviços do VAI e do Departamento de Metabolismo e Programação Nutricional. Core Technologies and Services fornece tecnologias de ponta e expertise para cientistas e colaboradores do Instituto.
“Nossa nova estratégia oferece uma importante prova de conceito para futuros esforços para incorporar abordagens adicionais de -ômica, com o objetivo de criar um pipeline de extração singular para RNA-seq, metabolômica, proteômica, transcriptômica e outras”, disse Sheldon. “Este trabalho não teria sido possível sem a equipe excepcional de Core Technologies and Services aqui na VAI e o compromisso do Instituto com a colaboração e ciência rigorosa.”
Os autores incluem Zachary B. Madaj, MS, Michael S. Dahabieh, Ph.D., Vijayvardhan Kamalumpundi, Brejnev Muhire, Ph.D., Dean J. Pettinga, Rebecca A. Siwicki, MS, Abigail E. Ellis, Christine Isaguirre, Martha L. Escobar Galvis, Ph.D., Lisa DeCamp, Russell G. Jones, Ph.D., Scott A. Givan, Ph.D., Marie Adams, MS, da VAI. do Instituto Núcleo de Espectrometria de Massa, Núcleo de Patobiologia e Biorrepositório, Núcleo de Bioinformática e Bioestatística e Núcleo de Genômica desempenharam papéis fundamentais no desenvolvimento do protocolo.
A pesquisa relatada nesta publicação foi apoiada pelo Van Andel Institute.
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