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Muitas variações genéticas ocultas podem ser detectadas com Chameleolyser, um novo método desenvolvido em Nijmegen. A informação já está rendendo novos diagnósticos de pacientes e também pode levar à descoberta de genes de doenças ainda desconhecidos, escrevem Wouter Steyaert e Christian Gilissen de Radboudumc em Comunicações da Natureza.
A ciência médica tem usado o sequenciamento do exoma para mapear os genes de pacientes individuais com doenças raras há cerca de 15 anos. Com esta técnica, o ADN de aproximadamente 20.000 genes humanos de uma pessoa é cortado em pequenos pedaços para que as letras do ADN possam ser lidas. Isso cria uma enorme quantidade de pequenos fragmentos de DNA, que são então remontados em genes inteiros, como um quebra-cabeça. O resultado é uma visão geral dos 20 mil genes daquela única pessoa.
Motor evolutivo
“Infelizmente, tal visão geral nunca é completa”, diz Christian Gilissen, professor de Bioinformática do Genoma. “Isso se deve à evolução do nosso genoma, do nosso material hereditário. Ao copiar o DNA, às vezes as coisas dão errado. Pequenos pedaços de DNA desaparecem ou são adicionados. Algumas peças são copiadas mais de uma vez. Acontece também que um gene copiado é colocado em algum outro lugar do genoma, dando-lhe um pseudogene além do gene original. Esses “desleixos” genéticos são muito importantes porque são o motor da evolução. É assim que surgem as mudanças genéticas. Mudanças que podem não ter efeito ou ser benéficas, mas que às vezes também causam novas doenças.’
Pseudogenes confusos
Ampliando o gene e os pseudogenes por um momento. O gene tem uma função, o pseudogênio geralmente não. Com o tempo, pequenas alterações, mutações, podem ocorrer tanto no gene quanto no pseudogênio. Mas o gene e o pseudogênio são tão semelhantes que, durante o sequenciamento, não fica claro qual parte pertence ao gene e qual parte pertence ao pseudogênio. Gilissen: ‘Por esta razão, estas regiões de DNA não estão incluídas na análise. Uma mutação encontrada pode ter origem no pseudogênio e não ter significado. Se você adicionar essa mutação ao gene normal, fará um diagnóstico errado. Não queremos isso.
Tornando o invisível visível
Com Wouter Steyaert, Gilissen desenvolveu um método – Chameleolyser – que detecta combinações de genes e pseudogênios em dados de sequenciamento de exoma existentes e também pode visualizar as variações genéticas entre eles. Steyaert: ‘Estamos agora captando muitas variações genéticas que antes eram invisíveis. Por exoma, encontramos cerca de sessenta variantes genéticas adicionais. Para várias pessoas, estes dados permitiram-nos determinar definitivamente a causa da sua doença. Com uma nova técnica de sequenciamento da PacBio, que analisa trechos mais longos de DNA, estabelecemos a confiabilidade do nosso método”.
Novos genes de doenças, novos diagnósticos
O novo método é interessante porque pode ser aplicado a dados de sequenciamento de exoma já existentes. Assim, não são necessários novos estudos em pacientes. Qualquer centro de sequenciamento do mundo pode aplicar o método. “Essa análise em grande escala também pode fornecer novos conhecimentos biológicos”, diz Gilissen. «Em muitas doenças, a causa genética só pode ser determinada em metade dos pacientes. Acreditamos que também encontraremos novos genes de doenças nessas combinações de genes-pseudogênios. Para alguns desses pacientes, pode ser aí que reside a causa genética de sua condição.
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