.
Como sabemos agora por nossa experiência com a pandemia de COVID-19, os micróbios responsáveis por algumas infecções podem sofrer mutações rapidamente em variantes que escapam à detecção e ao tratamento. Mas agora, pesquisadores relatando em SCA Doenças Infecciosas desenvolveram um procedimento que pode ajudar os pesquisadores a alcançar esses patógenos sorrateiros. Sua técnica “AutoPLP” projeta sondas de ácido nucleico para detectar novas variantes com rapidez, precisão e facilidade.
Muitos diagnósticos, como os baseados na reação em cadeia da polimerase (PCR), detectam patógenos por meio da análise de material genético. A amplificação do círculo rolante (RCA) funciona de maneira semelhante, embora uma vantagem seja que ela não envolve o complexo ciclo de temperatura que o PCR faz. Ambas as técnicas requerem sondas de ácido nucleico com sequências correspondentes às do patógeno alvo em locais específicos, mas a RCA usa “sondas de cadeado” (PLPs) altamente específicas. À medida que um patógeno sofre mutação, sua sequência genética também muda, e os pesquisadores precisam continuar redesenhando suas sondas. Então, Sowmya Krishnan, Ruben Soares, M. Michael Gromiha e Narayanan Madaboosi queriam criar uma ferramenta que pudesse não apenas projetar esses PLPs automaticamente, mas também, pela primeira vez, considerar sistematicamente todos os parâmetros técnicos necessários de uma só vez para fazer todo o processo mais fácil e robusto.
Sua ferramenta, um programa de computador chamado “AutoPLP”, recebeu o nome dos PLPs que projeta. O programa pode usar as sequências do genoma de patógenos semelhantes como entrada e executar uma série de análises e pesquisas no banco de dados, gerando um conjunto de sequências PLP personalizadas. A equipe usou o programa para projetar sondas contra o vírus da raiva, um vírus transmitido entre animais e pessoas, e Mycobacterium tuberculosis, a bactéria responsável pela tuberculose, e comparou-os com os relatados anteriormente. Para o vírus da raiva, o AutoPLP mirou em três genes, produzindo sondas com uma faixa maior e mais estreita de temperaturas de fusão do que as da literatura. Para M. tuberculose, eles projetaram um total de 13 sondas visando especificamente dois genes responsáveis por cepas resistentes a drogas com o programa. Os pesquisadores dizem que esta ferramenta pode ajudar a acelerar a descoberta de novas variantes de patógenos, ajudando a combatê-los de forma rápida e eficaz por meio de diagnósticos moleculares precisos.
Os autores reconhecem o financiamento da Bolsa de Reinserção Ramalingaswami 2020-2021 do Departamento de Biotecnologia do Governo da Índia.
.
